Earl Brooks é uma espécie de variação do tema ‘o médico e o monstro’. Durante o dia tem uma vida regrada, trabalhando, cuidando da mulher e mantendo uma rotina social. Tarde da noite, porém, ele sai às ruas à caça de sua presa. Não escolhe a esmo. A vítima certa depende de muito estudo e avaliações. No entanto, fazia dois anos que seus instintos assassinos não se manifestavam.
Brooks tornou-se tão metódico que chegou até a ganhar um nome de guerra do departamento de polícia da cidade, “Assassino das Digitais”, por deixar impressa em sangue as impressões digitais de suas vítimas em algum objeto da cena do crime. Sua maior inimiga é a detetive Atwood, interpretada por Demi Moore (Bobby).
Há anos ela tenta capturá-lo. Durante o intervalo de dois anos em que não atacou, ela achava que ele tinha sumido do mapa. Isto até aparecerem os corpos de duas novas vítimas. Para piorar a situação de Brooks, há uma testemunha que o fotografou logo depois de cometer um crime, o Sr. Smith (Dane Cook, de A Hora do Rango). Ao invés de denunciá-lo, o rapaz pede para que o ensine a matar pessoas. O psicopata não tem outra saída a não ser aceitar a missão.
Os problemas estão só começando para o empresário-assassino. Sua filha abandona a faculdade, volta para casa e diz estar grávida de um homem casado. Pior é quando o protagonista começa a desconfiar que a menina tenha herdado o seu vício de matar pessoas.
O único alívio de Brooks é conversar com Marshall (William Hurt, de O Beijo da Mulher Aranha), uma espécie de amigo imaginário, que faz o papel de sua consciência. O diálogo entre os dois gera alguns dos momentos mais insólitos do filme, quando Marshall sugere planos escabrosos para o assassino executar.
O protagonista vê o seu problema como uma compulsão, por isso chega a procurar até grupos de ajuda, dizendo-se um viciado – sem dizer em quê. Há também um grande sentimento de culpa em Brooks, que busca na oração o consolo para o seus atos. Nesses momentos, quando Instinto Secreto lida com o personagem e sua consciência, é que o filme ganha em densidade.
