Crianças adoram dinossauros e ETs bonzinhos e odeiam ETs malvados que veem a Terra como um planeta a ser conquistado. Normalmente a fórmula, quando bem calibrada, é receita de sucesso certo, como comprovam os filmes do gênero de Steven Spielberg. Mesmo sem uma história com o apelo de ET, o diretor John Schultz consegue tirar momentos divertidos com Pequenos Invasores. Os pequenos invasores do título são realmente diminutos e desastrados aliens que pousam sua nave numa casa de campo que também será invadida pela família Pearsons durante o fim de semana. Crianças e adolescentes ficam soltos sob um controle bem precário dos pais, de um tio e da avó. Sem contar a chegada inesperada do namorado da adolescente mais velha, que quer se dar bem com a família da moça e ganhar sua confiança para ter mais intimidade com ela.
O que seria um fim de semana tedioso, com direito a brigas entre meninos e meninas e pescarias aborrecidas, ganha agitação com a descoberta casual dos pequenos alienígenas escondidos no sótão da casa. Como nenhum dos adultos vai acreditar na história, cabe aos garotos enfrentar a ameaça, com os poucos recursos de que dispõem, como uma bazuca improvisada que dispara batatas.
Cabe à pequena Hannah (Ashley Boettcher), a irmã caçula, fazer amizade com o único ET bonzinho (como não se lembrar de Drew Barrymore, em ET?) capaz de se unir à patota e sabotar a missão. Como Drew, ela também adota o extra-terrestre como seu brinquedo de estimação.
As cenas mais divertidas ficam por conta de Ricky (Robert Hoffman), namorado de Bethany (Ashley Tisdale), e da avó (Doris Roberts), que passam a ser controlados pelos ETs, como verdadeiros zumbis guiados por controle remoto. Só que o aparelho cai nas mãos das crianças, que se vingam do namorado de Bethany, fazendo-o executar ações estúpidas, e ainda usam a avó como uma verdadeira guerreira ninja no combate aos alienígenas.
