Animação baseada no mangá de Masamune Shirow, gira em torno do confronto entre a major cyborg Kusanagi e o misterioso vilão Puppeteer. No ano de 2029, um programa desenvolvido para o Ministério das Relações Exteriores do Japão é invadido por hackers. A major Kusanagi, líder do esquadrão Section 9, é designada para encontrar e eliminar os invasores.
