De acordo com a história, as origens do apetite por carne humana de Hannibal Lecter remontam à Segunda Guerra Mundial, quando era criança na Lituânia e vivia feliz com seus pais e sua irmã caçula. Porém, um grupo de nazistas acaba dizimando a família. Sobrevivem apenas as crianças. O menino e a irmã Mischa são encontrados por um grupo de aventureiros desgarrados e coisas horríveis acontecem com eles. Só Hannibal sobrevive.
Anos depois, Hannibal é um adolescente, interpretado pelo francês Gaspard Ulliel, que foge do orfanato onde mora e vai para Paris. Lá é recebido pela viúva de seu tio, a misteriosa Murasaki (Gong Li), de quem se torna amante. A relação entre os dois é um dos pontos que servem para definir a personalidade do personagem e explorar seu lado mais obscuro.
O objetivo do jovem Hannibal é se vingar de cada um dos homens que fizeram mal a ele e mataram sua irmã caçula, no final da guerra. Para ter certeza de que o fará com precisão, ele chega a se matricular numa escola de medicina para aprender as técnicas de corte de corpos humanos.
Seguindo a cartilha do gênero de filmes de vingança, Hannibal – A Origem do Mal não difere muito de Desejo de Matar, estrelado por Charles Bronson, e suas inúmeras seqüências. Com o diferencial de que aqui o longa é produzido com uma aparência mais sofisticada, com fotografia caprichada e alguma reconstituição histórica – mas com a mesma sanguinolência e o tétrico detalhe de apresentar banquetes bizarros.
O roteiro é assinado pelo escritor Thomas Harris, criador do canibal, que primeiro escreveu o filme e depois o transformou em livro – invertendo a ordem mais comum.
Aparentemente, o veterano produtor italiano Dino de Laurentiis, dono dos direitos sobre o personagem, quis faturar em cima do mais famoso canibal do cinema. O objetivo deste prólogo é explicar de onde vem tanta monstruosidade. Mas o filme parece estar dominado demais pelo grotesco para fazer algum sentido.
