A história combina realismo e fantasia, contando com o apoio da paisagem do litoral do Maranhão. O personagem central é Antão Cristório (Jackson Costa), um pescador que desde pequeno aprendeu a conhecer o mar e suas armadilhas. Há alguns anos, perdeu seu filho Jerumenho, vítima da vingança de um marido traído.
O pescador agora está sem perspectiva de futuro. Ele tinha intenção de que seu filho assumisse o seu posto tanto na pesca quando como conhecedor dos segredos do mar. Sem se preocupar mais com o futuro, Antão passa a viver de seu passado.
Recordando suas experiências no mar, ele pensa nas pescarias, nas lendas sobre navios fantasmas e assombrações, que sempre o fascinaram. Tudo isso torna-se a fuga do pescador de seu cotidiano infeliz.
O primeiro grande amor do personagem foi raptada, segundo se acredita, por piocos, entidades míticas que moram nos mangues. Segundo a crença local, eles seqüestrariam virgens e as devolveriam depois de se tornarem mulheres. Antão passa a perseguir esses seres obsessivamente para vingar a sua amada.
Tempos mais tarde, o pescador se casa com Camborina (Daniela Escobar), depois de roubá-la da casa dos pais. Junto com ela, leva também a irmã da moça, Germana (Regiane). As duas são muito diferentes. Enquanto uma é forte e decidida, a outra é frágil. No entanto, combinam numa coisa: passam a dividir o mesmo homem.
O Dono do Mar tem como pano de fundo a cultura maranhense. Para recriar suas tradições, o filme contou com consultoria de Zelinda Lima, uma pesquisadora especialista no assunto. Já a trilha sonora foi composta pelo renomado músico de vanguarda Gilberto Mendes.
