A chegada de um naturalista e cartógrafo da Coroa Portuguesa ao Brasil serve de pretexto para a diretora e roteirista discutir temas que nos incomodam há séculos: a posse da terra, a questão ética, a violência nas relações sociais. Dom Diogo (o ator português Diogo Infante), jovem culto de Coimbra, leitor de Rousseau e Voltaire, é mandado ao Brasil para documentar o território da colônia, a partir de um posto militar na província do Mato Grosso. Sua viagem, do litoral até os confins da possessão, é permeada por conflitos, tanto entre os diferentes homens portugueses quanto entre eles e os índios. A caravana é liderada por Pedro (Floriano Peixoto), um homem rude que vê os índios como animais, e conta também com Antônio (Buza Ferraz), obcecado por encontrar minas de prata.
A intolerância dos europeus com uma cultura totalmente nova e o autoritarismo com que tratam os nativos não é suavizado pela diretora. Muito pelo contrário, ela extrai dos personagens toda a perplexidade que sentem quando entram em contato com o "outro". Mas, alguns homens ambíguos também povoam este universo, como o oficial responsável pelo forte, interpretado por Leonardo Villar, um português quase aculturado, que vive com uma índia e sempre questiona a rigidez dos julgamentos do representante da Igreja no local, vivido por Sérgio Mamberti. Mas o grande conflito é reservado a D. Diogo que, em sua ânsia de absorver a nova cultura e se adaptar ao Novo Mundo, vive um romance trágico com uma princesa guaicuru, Ánote, interpretada pela atriz Luciana Rigueira.
Brava Gente Brasileira, apesar de partir de um fato histórico, é um filme com a marca de Lúcia Murat que, em sua essência, tem a mesma temática das obras anteriores da diretora - Que Bom Te Ver Viva, documentário sobre as mulheres torturadas durante a ditadura, e Doces Poderes, sobre as relações entre a mídia e a política -, o desrespeito aos direitos humanos básicos e a sobrevivência a atos de violência. O filme é uma ode à bravura dos índios cavaleiros, vencedores deste confronto há mais de 200 anos, esta Brava Gente Brasileira que sobreviveu apesar de todas as tentativas de extermínio. A opção, radical, da diretora em não utilizar legendas para as falas dos nativos nos dá a exata dimensão da resistência destes frente ao colonizador insensível, que tenta impor sua cultura sob a força das armas.
