No roteiro escrito por Max Borenstein e Dave Callaham (de Os Mercenários), os testes nucleares feitos pelo mundo na década de 1950 eram, na verdade, tentativas de matar o gigante, em uma iniciativa mundial chamada Projeto Monarca. A criatura pré-jurássica, que se alimenta de radiação (quando a Terra ainda a emanava diretamente na atmosfera), estava dormente e foi despertada com a utilização de artefatos atômicos pelos Estados Unidos no pós-guerra.
Desaparecida nas profundezas do oceano desde então, a situação muda no final da década de 1990, quando os pesquisadores Dr. Ichiro Serizawa (Watanabe) e Vivienne (Hawkins), responsáveis pelo projeto Monarca, encontram, nas Filipinas, os restos mortais de um parente ancestral de Godzilla e esporos preservados de uma outra criatura da época, o Muto.
Já nos dias atuais Ford Brody, o filho do casal que, agora, é um sargento do esquadrão antibombas do Exército americano, volta a encontrar o pai no Japão, preso por invadir a proibida área do acidente. Sem ter como recusar, Ford se alia a Joe e ambos descobrem que, não apenas o Projeto Monarca foi o responsável pela explosão, como está, às escondidas, gerando o embrião do espécime achado nas Filipinas.
Inevitavelmente o experimento dá errado e a iniciativa libera ao mundo um monstro gigantesco capaz de levar, como diz o próprio Joe, “a civilização de volta à idade da pedra”. Mas, onde estará Godzilla? Quando nasce, o Muto faz vir à tona o mostrengo e a humanidade se pergunta se virá para ajudar ou atrapalhar, já que a situação piora quando se descobre que os EUA também gestaram um Muto para eles.
Com todo esse pano de fundo e explicações de contexto, o filme demora a engrenar. Nos cortes estranhos feitos pelo diretor Gareth Edwards e pelo editor Bob Ducsay (de A Múmia), as aguardadas sequências de ação em que Godzilla aparece são interrompidas abruptamente pelo drama da Família Brody.
Assim, o que poderia dar agilidade à narrativa, apenas interrompe o dinamismo da luta entre gigantes. Como se não levasse seu nome no título, o monstro vira coadjuvante em seu próprio filme que, por mais bem feito que seja, peca justamente nesse ponto: falta Godzilla em Godzilla.
